Les cours dispensés, srictement conformes aux programmes officiels de l'Education Nationale, comportent également, dans chaque discipline, des plages horaires déstinées à l'enseignement des méthodes.

Chaque trimestre est découpé en plusieurs séquences. Des contrôles écrits surveillés, à raison de cinq à neuf heures par semaine, selon les classes et la durée de la séquence (dans l'année douze séquences de deux semaines pour les classes du collège et neuf séquences de trois semaines pour les classes du lycée), sont organisés dans toutes les matières, en dehors des heures de cours.

Une correction et une évaluation systématiques du travail de l'élève sont effectuées par les enseignants et des mesures adaptées sont mise en oeuvre lorsque l'implication et les résultats sont insuffisants.

Chaque trimestre se termine par un examen dans les conditions des épreuves officielles (baccalauréat, épreuves anticipées, brevet).

A l'exception des élèves de Terminale, tous les élèves des autres classes sont, chaque année, invités à s'incrire à l'examen de passage dans le public. A cet effet, l'Ecole d'Aguesseau adresse aux parents de tous les élèves, de la classe de troisième aux classes de première, un courrier indiquant la procédure à suivre pour inscrire leur enfant à cette épreuve qui, généralement, se déroule au moi de mai.

En outre, entre l'Ecole d'Aguesseau et plusieurs établissement privés sous contrat des Hauts de Seine, existent, depuis plus de vingt ans, des relations de confiance en vertu desquelles lorsque l'équipe pédagogique considère que tel élève a atteint le niveau requis et est devenu organisé méthodique et autonome, il suffit qu'elle le fasse savoir au Directeur de l'un de ces établissements pour qu'il soit admis, sans condition, à poursuivre son parcours scolaire dans l'un de ces collèges ou lycées.

A la fin du deuxième trimetre, les parents reçoivent un document qui, d'une part synthétise le parcours de leur enfant et d'autre part met en perspective la décision probable du Conseil de classe en fin d'année scolaire.